آیت‌ا... سیدمحمد خامنه ای در سوم دیماه 1314 در خانواده ای روحانی و اهل علم در شهر مقدس مشهد به دنیا آمد. نسب خانوادگی وی با کمتر از سی واسطه به حضرت امام سجاد و حضرت امام حسین (علیهم سلام) میرسد. آیت ا... سیدمحمد خامنه ای تحصیلات خود را در زادگاهش آغاز کرد. وی مدتی در مکتبخانه به تحصیل مشغول شد و پس از آن به مدرسه‌ای غیردولتی و عربی رفت و همزمان با تحصیل در آن مدرسه، به فراگیری علوم دینی و مفاهیم قرآنی نزد پدر پرداخت و بر حسب علاقه پدر در سن دوازده سالگی به كسوت روحانیت درآمد و از آن پس به فراگیری علوم دینی در مدرسه نواب حوزه علمیه مشهد پرداخت و از استادانی همچون آیت ا... سید محمدهادی میلانی، آیت ا... شیخ هاشم قزوینی، آیت ا... آقا میرزا جواد تهرانی و دیگر استادان بزرگوار حوزه كسب فیض نمود.
آیت‌ا... سیدمحمد خامنه‌ای، همزمان با فراگیری علوم حوزوی، دروس دبیرستانی را نیز فرا گرفت و دوره دبیرستان را در همان سالها به صورت متفرقه به پایان رساند و پس از اخذ درجه دیپلم، به فراگیری زبانهای فرانسه و انگلیسی همت گمارد. در سال 1334 به پیشنهاد برخی از علما و فضلای قم عازم این شهر شد و در مدرسه حجتیه و حوزه علمیه آن شهر به تکمیل تحصیلات دینی و حوزوی پرداخت و از محضر استادانی چون آیت ا... بروجردی، حضرت امام خمینی(ره)، آیت ا... حائری‌یزدی، آیت ا... مجاهدی‌تبریزی و علامه طباطبایی تلمذ کرد.
همچنین ایشان در سال 1343 در رشته حقوق قضایی دانشکده حقوق دانشگاه تهران پذیرفته شد و موفق به كسب درجه كارشناسی این رشته در سال 1347 شد.

مدارک تحصیلی

• تحصیلات پایه ای / حقوق و فلسفه اسلامی / مشهد / 1329-1334
• اجتهاد ( دکتری ) / حقوق و فقه / قم / 1334-1338
• تحصیلات عالیه (معادل فوق تخصص) / فلسفه و عرفان / قم / 1338-1342
• کارشناسی (دانشگاه تهران) / حقوق قضایی / تهران / 1342-1347

فعالیتهای علمی- پژوهشی و اجرایی

آیت‌ا... سیدمحمد خامنه ای، با هدف تحقیق و پژوهش در امور فرهنگی، بویژه فلسفه و حکمت اسلامی، در سال 1373 به تأسیس بنیاد حکمت اسلامی صدرا همت گمارد و فعالیتهای علمی خود را در آن بنیاد متمرکز ساخت. ایشان علاوه‌بر فعالیتهای علمی و پژوهشی در زمینه فلسفه و عرفان اسلامی (گرایش مكتب ملاصدرا)، در حوزه‌های حقوق اسلامی و فقه، جامعه‌شناسی، فلسفه و حقوق زن، فلسفه برای كودكان و نوجوانان آثاری را بصورت تألیف، ترجمه و تصحیح منتشر ساخته و بیش از 100 مقاله علمی در موضوعات گوناگون در همایش ها، جراید و رسانه‌های ارتباط جمعی نشر داده است. آیت‌ا... سیدمحمد خامنه‌ای همچنین در دانشگاه هایی همچون علامه طباطبایی، روابط بین الملل (وزارت امور خارجه)، الزهرا(س) و دانشگاه آزاد اسلامی به كار تدریس همت گمارده‌اند.
وكالت پایه یك دعاوی دادگستری (در دهه پنجاه) ، عضو مجلس خبرگان رهبری ، نمایندگی مجلس شورای اسلامی (برای دو دوره) و ریاست کمیسیون حقوقی و قضایی و چند کمیسیون موقت دیگر مجلس ، صاحب امتیازی و سردبیری مجله «مسائل ایران» (در دهه شصت) ، ریاست انجمن بین‌المللی ملاصدرا، صاحب امتیازی و مدیرمسئولی مجله فلسفی ـ تخصصی «خردنامه صدرا»، مدیر مسئولی مجله فلسفی ـ تخصصی «تاریخ فلسفه»، رئیس خانه حكمت و فلسفه ایران، رئیس انجمن علمی تاریخ فلسفه ایران و عضویت در مؤسسه گفتگوی بین ادیان از دیگر فعالیتهای علمی ـ پژوهشی ایشان (در دهه‌های هفتاد تا نود) است.
همچنین بنا بر اذعان صاحبنظران و کارشناسان حوزه تاریخ و فرهنگ ایران، یکی از شخصیتهای آگاه و آشنا به تاریخ تحولات فرهنگی و علمی ایران‌زمین می باشد،ایشان در سالهای اخیر،به مطالعات و پژوهشهای عالمانه‌ای در زمینه تاریخ و اندیشه فلسفی و حکمی ایرانیان، به ویژه ایرانیان قبل از اسلام پرداخته اند.
آثار، نوشته ها و سخنرانی های ایشان در این زمینه فراوان است و از آن جمله میتوان به پژوهش های ایشان درباب حکمت و فلسفه در ایران پیش از اسلام اشاره كرد که در قالب کتاب «سیر حکمت در ایران و جهان» منتشر شده است. بنابر نظر ایشان، ملل ایران قدیم، چه دولتهای آریایی و چه دولتهای بومی ایرانی، (همچون: عیلامیها، کاسپینها و یا تمدنهای مانایی و نیز در نواحی مرکزی، کاشان و کرمان)، همگی پایه گذار فرهنگ غنی، تولید فلسفه و علم و هنر و نوعاً مروج توحید و اخلاق بوده‌اند و روحانیون آن زمان از بزرگترین دانشمندان علوم مختلف و فیلسوفان عصر محسوب می شدند. ایشان از جمله افرادی است که اعتقاد به صدور فلسفه و تمدن و دانش از ایران باستان به یونان دارد و ایران را پایه گذار فلسفه و دانش در جهان می داند. آیت‌ا... سیدمحمد خامنه‌ای در هفدهم تیرماه 1392 با حکم رئیس جمهوری وقت، به مدت چهار سال به سمت ریاست بنیاد ایرانشناسی منصوب شد.

فهرست کتاب های منتشر شده

• حكمت متعالیه و ملاصدرا (1383)- به زبانهای فارسی، انگلیسی، عربی، چینی، کره ای
• فلسفه زن بودن (1385)-به زبانهای فارسی,عربی,انگلیسی
• سیر حكمت در ایران و جهان (1380)- به زبانهای فارسی،عربی,انگلیسی,بلغاری
• ملاصدرا؛ زندگی، شخصیت و مكتب صدرالمتألهین (1379)- به زبانهای فارسی، انگلیسی
• میرداماد (1384)
• روح و نفس (1384)
• ملاصدرا، هرمنوتیك و فهم کلام الهی (1385)- به زبانهای فارسی، انگلیسی
• انسان در گذرگاه هستی، جلد اول (1386)-به زبانهای فارسی, انگلیسی
• انسان در گذرگاه هستی، جلد دوم (1386)-به زبانهای فارسی, انگلیسی
• انسان در گذرگاه هستی، جلد سوم (1390)-به زبانهای فارسی, انگلیسی
• امام علی(ع) و صلح جهانی، فارسی (1390)
• امام علی(ع) و صلح جهانی، انگلیسی (1388)
• ویژگیهای جهان بینی اسلامی(1388)
• القواعد الفقهیه فی الاحادیث الكاظمیه علیه السلام،عربی (1384)
• خداشناسی (1381)
• اقطاع و حقوق تقسیم اراضی دولتی (1383)
• علم قاضی (1382)- به زبان فارسی
• علم قاضی (1384)- به زبان عربی
• بیمه در حقوق اسلام (1381)
• فریاد جرس، وصیتنامه امیرالمؤمنین امام علی بن‌ابی‌طالب علیه السلام(1386)
• مالكیت عمومی (1386)
• حقوق و جزای عمومی (1389)
• «قرآن و حقایقی پیرامون آن» بضمیمه: نگاهی به تفسیر ملاصدرا (1391)
• انسان در گذرگاه هستی جلد4 (1392)
• زخمه ها و نغمه ها: مجموعه مصاحبه های آیت الله سید محمد خامنه ای (1392)
• چون شمع (مجموعه سرمقاله های خردنامه صدرا) (1392)
• زندگی، شخصیت و مکتب صدرالمتالهین (1394)
• تاریخ جامع فلسفه (مقدمه) (1397)

فهرست مقالات

• ادراک‌ حسی
• ارسطو
• اسفار اربعه در حکمت متعالیه
• الهیات از نظر صدرالمتالهین و جایگاه کنونی آن
• انسان سالم در حکمت عملی
• پلورالیزم سیاسی و اجتماعی
• جایگاه حکمت عملی در جهان معاصر
• جهانی سازی و موانع و دو راهیهای آن
• حدوث دهری و حکمت متعالیه ملاصدرا
• حکمت متعالیه ملاصدرا
• حکمت و فلسفه اسلامی
• خلاقیت / خلافت انسان در فلسفه و عرفان اسلامی
• خورشید دوباره‌ از مشرق‌ طلوع‌ خواهد کرد
• رابطه زبان و هستی
• رسالت فیلسوف در دنیای معاصر
• روح افلاطونی در فلسفه ملاصدرا
• زمان و زمانی
• سیاست و حکمت متعالیه
• عقب ماندگی مسلمین
• علامه طباطبائی و مجلسی و حدیث عقل و نقل
• فلسفه نقد و نقد فلسفی
• فلسفه اسلامی و فرهنگ چینی
• فهم کلام خدا در مکتب ملاصدرا
• متافیزیک و ماهیت مرگ
• محقق نراقی و مسئله حدوث دهری عالم
• مسئله اعجاز و کرامت
• مسئلهٴ شناخت در فلسفهٴ اسلامی
• نبوت و رسالت
• نفس انسان
• نقش فلسفه و رسالت فیلسوف
• هنر دینی
• وجود مطلق‌